一 管理体制与内部组织单元框架
实验室实行研究中心和学术委员会指导下的主任负责制，主任由研究中心通过公开招聘聘任，负责实验室工作，任期4年。实验室设管理办公室，负责实验室重大事件的处理，管理办公室由实验室主任、副主任、中心财务、科技处及事物管理人员共同组成，职责包括：协调各研究方向、任务、经费、仪器购买等。
学术委员会是实验室的学术指导机构，主要职能是决定实验室的方向，审定开放课题，监督经费使用，协调开放事宜，组织论文答辩及成果评价，学术委员会每届任期4年。
实验室主任协助实验室学术委员会组织制定开放课题、评估和验收，组织学术委员会会议。
实验室日常工作由实验室主任负责，由副主任共同主持。包括组织或协助各研究方向组织召开大型学术研讨会，对实验室的开放课题组织申报、评审。
实验室运行按以下框架图：

二 运行机制与规章制度建设
在组织管理上，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，实行固定人员与流动人员相结合的方式。固定人员以创新研究小组的学术带头人和创新骨干为主，并根据需要招聘所内外的其它人才作为补充，对固定人员实行岗位聘任，定期进行严格考核、滚动评估。流动人员以客座研究专家、访问学者与研究生为主，根据研究工作需要增加与精简流动人员数量。积极吸引优秀青年科技人员来室工作，吸引出国留学人员回实验室国工作，创造条件选派实验室优秀年轻科学家出国深造。
积极创造条件对院内、院外大专院校、科研院所开放，通过组织国际合作与学术交流，邀请国外著名专家来实验室工作、讲学、互派留学人员进行合作研究等提高研究水平及实验室的国际知名度。
实验室对各个研究方向按“鼓励竞争、契约管理、严格考核、择优汰劣”进行管理，评价着重四个方面，包括：承担任务及完成情况；成果、专利、论文、专著等考核目标的质量和数量；承担国家、省、院重大任务、发现和解决国家重大问题的能力；高水平的、有影响的研究结果及人才培养，各项考核内容均实行打分制进行定量考核。通过强化实验室的建设和项目争取，扩大影响，多出成果、出效益。
实验室将在批准后制定具体规章制度如：实验室管理办法、实验室开放基金管理办法等。
三 研究所的支持
研究所将为实验室运行提供必要的运转经费，通过政策倾斜，优先支持实验室引进人员，购买先进的科研仪器和设备，开展国际国内学术交流。为实验室人员安置、实验用房等方面提供后勤帮助。