自建站以来与中国科学院 10 多个相关研究所建立了合作关系，中国农业科学院、北京市农林科学院、吉林农业大学、河北农业大学、山东农业大学、西安理工大学、中国农业大学、河海大学、河北省农林科学院、河北省林科所、沧州市农科院、沧州市林科所等省内外科研院所均以南皮站为基地开展合作研究工作；在此基础上，广泛开展了国际合作研究与交流，先后与日本、澳大利亚、德国、美国、以色列、巴基斯坦等国家开展合作研究。